Functional proteome analysis of the banana plant (Musa spp.) using de novo sequence analysis of derivatized peptides

• Authors : Samyn, B.; Sergeant, K.; Carpentier, S.; Debyser, G.; Panis, B.; Swennen, R.; Van Beeumen, J.


• Document type : Journal article


• Year of publication : 2006


• Journal title : Journal of Proteome Research


• Volume (number) : 6 (1)




• Pages : 70-80


• Peer-reviewed : Yes


• ISSN : 1535-3893; 1535-3907


• Language(s) : English


• Abstract : We report the use of chemical derivatization with MALDI-MS/MS analysis for de novo sequence analysis. Using three frequently used homology-based search algorithms, we were able to identify more than 40 proteins from banana, a non-model plant with unsequenced genome. Furthermore, this approach allowed the identification of different isoforms. We also observed that the identification score obtained varied according to the position of the peptide sequences in the query using the MS-Blast algorithm. (Author's abstract).
  
  [Nous rapportons l'utilisation de la dérivation chimique avec l'analyse de MALDI-MS/MS pour l'analyse des séquences de novo. En utilisant trois algorithmes basés sur l'homologie fréquemment utilisés dans la recherche, nous pouvons identifier plus de 40 protéines de bananier, une plante non-modèle avec un génome non séquencé le génome. En outre, cette approche a permis l'identification de différents isoformes. Nous avons également observé que les taux d'identification obtenus varient en fonction de la position des séquences peptidiques en utilisant l'algorithme MS.]


• Keywords : DNA; NUCLEOTIDE SEQUENCE; GENETIC MAPS


• Open access : No


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• Musalit document ID : IN070155

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